Selon une publication de l'Université de Bâle du 28 octobre 2020, on apprend que des chercheurs suisses et espagnols auraient identifié une nouvelle variante du Sars-CoV-2 qui se serait répandue en Europe et ailleurs au cours des derniers mois, à partir de l'Espagne.

Selon cette source d'information, cette variante serait aujourd'hui une des plus répandues en Europe et il existerait plusieurs centaines de variations du nouveau coronavirus, qui se distinguent par de petites mutations dans le génome du virus.

En l'état de mon information, rien n'indiquerait qu'elle soit plus dangereuse que les autres connues.

Par ailleurs, son apparition serait liée à un événement propagateur parmi des travailleurs agricoles dans le Nord-Est de l'Espagne. Elle aurait ensuite rapidement conquis toute l'Espagne, plusieurs pays européens, parvenant même jusqu'à Hong Kong et en Nouvelle-Zélande.

À préciser également : il semblerait que si la prévalence de cette variante augmente parallèlement avec la courbe des cas actuellement, elle n'en serait pas forcément la cause.

Cette question relève de la compétence du Sénat, car il est bien évident que les aspects liés à la gestion de la crise de la Covid-19 sont transversaux, ainsi d'ailleurs que la prévention de la santé de nos concitoyens.

On pourrait penser que les mesures restrictives durant l'été, de même que des comportements à risque au retour des vacances, auraient fortement facilité la propagation de ce phénomène, toujours selon l'étude menée en Suisse.

Même si l'étude précitée note également qu'il n'y aurait actuellement aucun indice associant cette nouvelle variante à une hausse de la transmission du virus ou à un déroulement différent de la maladie, on peut cependant s'en inquiéter.

Disposez-vous d'informations complémentaires à propos de ce dossier? Quel est l'état de la question?

Il existe effectivement de très nombreuses variantes du virus SARS-CoV-2, qui diffèrent l’une de l’autre dans une petite ou grande mesure. Les scientifiques utilisent le séquençage du génome entier, qui démêle l’intégralité du code génétique d’un virus, souvent pour cartographier comment un virus circule. Ce code génétique complet se compose de 29 903 paires de bases. De petites modifications se produisent en effet dans le génome d’un virus. Les chercheurs du monde entier peuvent charger ce «code génétique» dans une base de données qui compare alors les différents codes entre eux. En connectant entre eux les virus qui se ressemblent le plus, on obtient une sorte d’arbre généalogique, voir https://nextstrain.org/sars-cov-2 et https://nextstrain.org/ncov/europe?f_country=Belgium.

C’est aussi de cette manière que l’on peut distinguer une nouvelle infection d’une première infection de longue durée. Une femme belge a ainsi présenté deux fois des symptômes du Covid-19 avec trois mois d’intervalle. Les deux fois, son test SARS-CoV-2 était positif. Nous savons toutefois que de tels tests peuvent rester positifs pendant longtemps après une infection initiale. Toutefois, en comparant le génome des deux virus, on a pu constater onze différences dans le code génétique, et que le virus trouvé la deuxième fois ressemblait beaucoup plus au virus qui circulait à ce moment-là en Belgique qu’au virus qui avait contaminé cette femme la première fois (1). Les nouvelles infections semblent actuellement extrêmement rares. Contrairement au virus de la grippe ou du VIH par exemple, le virus SARS-CoV-2 n’effectue pas beaucoup de mutations. La plupart des mutations ont de plus probablement peu voire pas d’impact sur les caractéristiques du virus, comme la transmissibilité (2). Certaines personnes se font par exemple du souci à propos de mutations dans la partie du code génétique qui code la protéine «Spike». Cette protéine est en effet la cible de la plupart des vaccins qui vont être commercialisés et qui fait qu’ils ne fonctionneraient pas (bien). Il est en effet important de suivre la situation parce qu’en raison de l’introduction d’un vaccin, le virus sera peut-être mis sous pression et des variantes moins sensibles au vaccin pourraient donc avoir un avantage en matière de survie. Actuellement, il semble pourtant improbable d’avoir certaines variantes sur lesquelles les vaccins bientôt commercialisés n’auraient pas d’effet (3) (4).

Références

(1) Van Elslande J., Vermeersch P., Vandervoort K., Wawina-Bokalanga T., Vanmechelen B., Wollants E., Laenen L., André E., Van Ranst M., Lagrou K., Maes P., «Symptomatic SARS-CoV-2 reinfection by a phylogenetically distinct strain», Clin. Infect. Dis., 2020 Sep 5:ciaa1330. doi: 10.1093/cid/ciaa1330. Epub ahead of print.

(2) van Dorp L., Richard D., Tan C.C.S. et al., «No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2», Nat. Commun., 11, 5986 (2020), https://doi.org/10.1038/s41467-020-19818-2.

(3) Plante J.A., Liu Y., Liu J. et al., «Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness», Nature, (2020), https://doi.org/10.1038/s41586-020-2895-3.

(4) McAuley A.J., Kuiper M.J., Durr, P.A. et al., «Experimental and in silico evidence suggests vaccines are unlikely to be affected by D614G mutation in SARS-CoV-2 spike protein», npj Vaccines, 5, 96 (2020), https://doi.org/10.1038/s41541-020-00246-8.